Jaan Vaga sündis 15. jaanuaril 1877 Muhu saarel Viira külas. Õppis Päelde küla- ja Rimsi kihelkonnakoolis. 1894 lõpetas Kuressaare linnakooli ja 1899 Balti Õpetajate Seminari Kuramaal. Töötas õpetajana Virumaa “Kalevipoja” seltsi koolis, Tallinna alaealiste kurjategijate varjupaigas ja Kose-Uuemõisa ministeeriumikoolis. 1913 – 1920 oli Nõmme algkooli õpetaja ning juhataja.
J. Vaga nimi seostub siiski eelkõige tema laialdase seltskondliku tegevusega. Alates 1899 käivitas ja ergutas ta seltsielu kõikjal, kus ta töötas, oli see siis näiteringi juhtimine, töö tuletõrjes või mujal. J. Vaga elutööks jäi Nõmme VTÜ edendamine ning Nõmme omavalitsuse kujundamine.
Kohaliku tuletõrjega oli ta seotud 1913. aastast elu lõpuni. Näiteringi ja pidutoimkonna juhist tõusis ta juba 1916 ühingu peameheks, kellele allus kogu tuletõrjealane väljaõpe. Oma korraldusega viis ta Nõmme tuletõrje komandokeelena sisse eesti keele. Juunis 1917 loodi J. Vaga juhtimisel tuletõrje baasil Nõmme omakaitse – esimene taoline organisatsioon kogu Eestis, hilisema kaitseliidu eelkäia. 1918. aasta 24. veebruaril sai Jaan Vagast Nõmme jaama ajutine komandant kuni saksa okupatsioonivõimud ta sellelt ametilt kõrvaldasid ja oma mehega asendasid.
1920. aastatel oli J. Vaga korduvalt valitud Nõmme VTÜ esimeheks, sealjuures 1923 – 1928 oli ta ka Üleriikliku Tuletõrje Liidu juhatuse liige ja sekretär. Neil aastatel kujunes välja Eesti tuletõrje organisatsiooniline struktuur.
Tuletõrje kaudu jõudis J. Vaga ka omavalitsusstruktuuridesse. Just selle eestimeelse ühenduse initsiatiivil valiti 9. juulil 1917 Nõmme Elanike Komitee, mille üheks juhtivaks jõuks oli J. Vaga. Korduvalt (1917, 1923) oli ta valitud alevivolikokku ning ta oli linnavolikogu kõigi koosseisude (valitud 1927, 1930, 1934 ja 1939) saadik. 1918 – 1919 ja 1924 oli J. Vaga Nõmme alevivolikogu esimees ja 1929 – 1939 linnavolikogu aseesimees.
Oleks siiski ühekülgne piiritleda J. Vaga tegevust vaid nende kahe alaga. Tema ettevõtlikust ja energiat jätkus kõikjal, olgu see siis Nõmme lastekaitse või majaomanike selts, Nõmme õigeusu Johannese kogudus. Ta oli Eesti Majaomanike Seltside Liidu juhatuses, tegev KL Nõmme Malevkonnas ning Nõmme Muuseumi komitee liige. Ta oli oodatud külaline-kõnemees kõigil seltskondlikel üritustel.
Vähem on teada ja tuntud J. Vaga panus Eesti teadusse asjaarmastaja ornitoloogina. Tema töö kodumaa linnustiku uurimisel, koostatud suur topistekogu pälvis nii professionaalide tunnustuse kui ka auhindu mitmetelt näitustelt ja võistlustelt. See kogu on ka praegu vaatamiseks Nõmme muuseumis.
J. Vaga oli Nõmme VTÜ ja Nõmme Majaomanike Seltsi auliige. Tal olid kõik tuletõrje aumärgid kuni Kõrgema Hoolsusmärgini (1937), Eesti õigeusu Piiskop Platoni II ja Eesti Rohelise Risti III järgu teenetemärk. Kuid eelkõige jäi ta rahva poolt armastatud aatemeheks, autoriteediks, kelle poole pöörduti nõu ja abi saamiseks.
Jaan Vaga elu viimased aastad möödusid rasketes katsumustes. Tuli jõuetult pealt vaadata oma elutöö purustamist, olla ise pidevates repressioonide ootuses. Viimasest päästsid teda kaasvõitlejad-nõmmelased, kes kirjutasid kollektiivse kaitsekirja riiklikule julgeolekule. See juhtus 1950. aastal, uskumatu, kuid tõsi! Siiski andis nõukogude võim oma “parima”. Tema oma kätega ehitatud maja Nõmmel Liiva tänaval natsionaliseeriti, teenekalt mehelt võeti ära väljateenitud pension.
J. Vaga suri 29. novembril 1960 ja on maetud Hiiu-Rahu kalmistule. 15. märtsil 1992 avasid Nõmme seltsid tema haual uue mälestusmärgi.