1914. aastal algas I maailmasõda, millega kaasnes saksavaenulikkus. Šovinismi maaniat sai omal nahal peagi tunda ka Glehn, keda valekaebuse alusel kahtlustati spioneerimises. 1915. aastal saadeti Kõrgepeale sapöörirühm uurima tema ehitatud „kahtlasi” objekte. Milleks muuks need ikka olid püstitatud kui mitte Saksa allveelaevadele signaalide edastamiseks? Operatsioon lõppes torni ukseavade kinnimüürimise ja „Kalevipoja” lõhkumisega. Viimasest löögist Glehn ei toibunudki.

Kahjuks polnud Nikolai von Glehnile määratud näha oma eluunistuse, Nõmme linnakssaamine, täitumist – 1918 lahkus ta koos perega Saksamaale ja sealt edasi Brasiiliasse. Lahtikistuna oma elutööst, võõra rahva keskel, pidi saatuse tahtel lõppema selle mehe elutee. Nikolai von Glehn suri kaugel kodumaast 7. septembril 1923 ja maeti Auro Fino kalmistule. Vaid aasta hiljem, 30. mail 1924 järgnes talle poeg Manfred. Tema põrm puhkab Barbacena kalmistul. Mõlemad need kohad asuvad Minas Geraes osariigis.

Enne lahkumist kinkis Glehn oma veel kreposteerimata st müümata ja mõisast lahutamata maad (962 tiinu 2141 ruutsülda) koos neil lasuvate kohustustega Nõmme omavalitsusele. Ühtlasi läksid kõik seniostetud kruntide veel välja maksmata summad alevile. Vabariigi valitsus seda akti ei tunnistanud, vaid riigistas maareformi käigus need ühisel alusel mõisamaadega. Läbirääkimised põllutööministeeriumiga vältasid kaua ja said osalise lahenduse alles 1932. aastal.